Há vestígios da presença humana em Aljezur desde a pré-história. Mas é sobretudo a presença romana e árabe (que povoaram a região durante seis séculos) que marcaram mais fortemente a cidade, devendo destacar-se o castelo, construído no século X, durante a presença árabe. A cidade foi reconquistada pelos cristãos em meados do século XIII. O terramoto de 1755, que devastou a costa algarvia, destruiu ou afectou muitas das principais construções, nomeadamente as igrejas, entretanto reconstruídas, das quais se destacam a Igreja da Misericórdia e a Igreja Matriz.